Sfrustrowany generał Francis X. Hummel (Ed Harris) wraz z grupą wiernych żołnierzy piechoty morskiej opanowuje wyspę Alcatraz i bierze zwiedzających jako zakładników. Grozi, że jeśli rząd nie spełni jego żądań, odpali rakiety z głowicami wypełnionymi zabójczym gazem bojowym w kierunku San Francisco. Do akcji powołani zostają specjalista FBI do spraw broni chemicznej
dr Stanley Goodspeed (Nicolas Cage) i tajemniczy John Patrick Mason (Sean Connery), były więzień Alcatraz.